Les conditions de l’intelligibilité de la nature sont-elles les mêmes pour tous ses objets ? Descartes le pensait, en soutenant que toute la nature est transparente à l’ordre géométrique et doit être expliquée par figures et mouvements. Cournot prend un chemin tout différent : il montre, au paragraphe 168 du Traité de l’enchaînement des idées dans les sciences et dans l’histoire, que les êtres naturels relèvent, quant à leurs conditions d’intelligibilité, de deux ordres différents. Dans les sciences physiques, le mode de représentation qui donne à l’objet son plus haut degré de clarté est mixte (mi-atomiste, mi-dynamiste) ; mais si on applique ce mode mixte aux phénomènes de la vie, l’effet est inverse : ceux-ci deviennent inintelligibles et mystérieux. On voit ainsi que, selon Cournot, les postulats que nous formons pour ouvrir à la connaissance, à l’intelligibilité, un certain domaine de l’être et qui y portent en effet la clarté et la précision, n’ont jamais qu’une validité régionale : exportés hors de leur domaine de validité, c’est l’ombre, non la lumière, qu’ils apportent à l’objet.

Si cette analyse est fondée, l’explication scientifique ne peut plus être comprise comme une marche unie de l’esprit vers la lumière, un progrès dans lequel les connaissances, comme si elles composaient un système parfaitement uni, s’illumineraient réciproquement. L’explication scientifique devient un art de composer la lumière et l’ombre, d’évaluer ce que l’on gagne et ce que l’on perd par les postulats que l’on se propose, et d’obtenir, si cela est possible, une formule « optimale » de lumière et d’ombre, la lumière maximale, l’ombre minimale. L’explication scientifique devient comparable à l’art de négocier, au sens où, en effet, dans une négociation, acceptant par avance de perdre quelque chose (ce qui est la condition de la négociation) chacun cherche à minimiser sa perte, sans aller jusqu’à empêcher l’accord de se conclure.

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