L’ambition initiale de la Doctrine de la science est de rapporter la totalité du savoir humain à l’unité d’un principe.

Par là s’éclaire tout d’abord l’expression nouvelle de « Doctrine de la science » par laquelle Fichte désigne la philosophie : ainsi rapporté à son principe, constitué par ce rapport en absolue totalité (en système), le savoir est savoir fondé en certitude ; il est science. La Doctrine de la science est donc une théorie de la science ou une théorie du savoir unifié. Il importe toutefois de préciser en quel sens.

Une autre expression utilisée par Fichte pour désigner la Doctrine de la science est celle de science de la science. Or, si, comme science de la science, elle consiste bien dans une présentation ordonnée de l’ensemble du savoir humain en tant qu’il procède d’un principe unique, comme science de la science, la doctrine de la science est elle-même un savoir naissant du principe (un savoir certain) en lequel la totalité du savoir fait retour vers son principe — un savoir en lequel le savoir naît du mouvement par lequel il saisit sa propre origine. En ce savoir, la procession du Tout à partir de l’Un est solidaire d’un mouvement de conversion du Tout vers l’Un ; de sorte que l’aller et le retour, le mouvement qui va du principe au principié et le mouvement inverse qui va du principié vers le principe sont un seul et même mouvement. En d’autres termes, la Doctrine de la science ne se propose pas simplement de réaliser un arrangement systématique des productions de l’esprit, mais engage, dans cet arrangement, une véritable conversion spirituelle.

La question centrale de la théorie du savoir en quoi consiste la Doctrine de la science déborde donc largement le cadre d’une simple interrogation sur l’ordre systématique des connaissances. Le problème constitué par le projet d’une Doctrine de la science est ainsi, dès 1794, le problème métaphysique du passage de l’Un au Tout et du Tout à l’Un — le problème de leur identité réelle, qu’en 1802 Fichte reconnaîtra comme la principale difficulté léguée par le spinozisme, et qui lui semblera ne pouvoir être résolue que par la formation d’un système de la liberté (la liberté fournissant le point de passage).